截至105年12月31日止，我國簽訂並生效全面性租稅協定國家已有32個，營利事業若前往與我國有租稅協定之締約國投資或經營事業而取得所得者，為避免於所得來源國所繳納扣繳稅額，產生於我國不得扣抵情事，應事先查明前往國家與我國是否有租稅協定並向所轄稽徵機關申請居住者證明，據以申請適用所得稅租稅協定優惠，以免權益受損。
進一步說明，依適用所得稅協定查核準則第26條第2項規定：「依所得稅協定規定屬於他方締約國免予課稅之所得，或訂有上限稅率之所得，不得申報扣抵其因未適用所得稅協定而溢繳之國外稅額。」依此規定，總機構在我國境內之營利事業，有取得我國締約國之所得，因未申請居住者證明而未能依所得稅租稅協定享受租稅協定優惠，於所得來源國扣繳之稅額，不得申請於我國境內扣抵應納之營利事業所得稅。
【舉例說明】
甲公司104年度前往我國締約國A國提供技術服務並取得服務收入100萬元美金，若依據我國與A國之租稅協定，甲公司得申請依協定享受營業利潤減免稅額，惟甲公司未依規定申請適用，致遭A國扣繳3萬元美金稅額，俟後，甲公司於辦理104年度營利事業所得稅結算申報，合併申報來自A國技術服務收入時，不得將A國扣繳稅額申報扣抵其應納之營利事業所得稅。
提醒，營利事業前往境外投資或經營事業時，為保障自身權益應注意該國是否與我國簽有所得稅租稅協定，若有符合該相關規定者，可先向我國稽徵機關申請居住者證明，並檢附相關文件，向締約國申請適用租稅協定優惠，以免重複課稅
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